És indiscutiblement famós a causa de la seva intel·ligència i agudesa, i això li permet tenir la vocació per ajudar a la policia en els casos més difícils.
En Shinichi és un gran admirador del famós detectiu Sherlock Holmes i està disposat a convertir-se en el nou Holmes del segle XX.
Un dia, mentre era al parc d'atraccions Tropical Land amb la seva amiga d'infantesa Ran Mouri, uns homes de negre li van fer prendre un verí experimental anomenat APTX4869 (Apotoxina 4869), amb la intenció de matar-lo sense deixar rastre a l'autòpsia.